Programación de análisis con Bika LIMS para laboratorios de biología molecular

Hace unos días recibimos el feedback de un usuario del servidor de demostración. El usuario ha estado trasteando con la aplicación para decidir si el sistema se ajustaba a las necesidades de su laboratorio de Biología Molecular. Las dudas estaban focalizadas en cómo gestionar muestras y programar analíticas con PCR de una forma rápida, evitando la necesidad de registrar y manipular las muestras y análisis de una en una. Ha sido un ejercicio de análisis enriquecedor, que nos da pie a explicar cómo funcionan los lotes y las hojas de trabajo en Bika LIMS.

Creación múltiple de solicitudes de análisis

el seguimiento de las técnicas que utilizamos hace necesario utilizar lotes de muestras (de una en una sería mucho trabajo)...

En Bika LIMS, existe una relación uno a uno entre solicitud de análisis (Analysis Request) y muestra (Sample). Es decir, para cada muestra a ser analizada debe crearse su correspondiente solicitud de análisis que, además de las analíticas a ser efectuadas, contiene toda la información de la muestra, como la fecha de muestreo, el protocolo de conservación, el tipo de muestra, etc.

En el formulario de creación de una solicitud de análisis es posible crear hasta 4 solicitudes de análisis a la vez, y cada una de ellas con distintas características (fecha de muestreo, tipo de muestra, especificaciones de análisis, etc.). Esta aproximación es, en muchos casos, suficiente para agilizar el proceso de registro.

Cada solicitud de análisis está asociada directamente a un cliente concreto, pero a menos que exista una relación de dependencia entre ellas (solicitudes de análisis secundarias o derivadas), la única manera de agruparlas es mediante la creación de lotes (Batch). El lote es una agrupación de solicitudes y desde cada lote se pueden generar hasta 10 solicitudes a la vez.

batch_ars.png

La posibilidad de añadir más de 10 solicitudes de una sola vez no exigiría muchos esfuerzos de programación: sería suficiente con incorporar un campo 'Nº de copias' para cada una de las solicitudes en el formulario de creación y realizar las modificaciones necesarias en el archivo de código responsable de tramitar el submit del formulario. Esto permitiría generar n copias de cada una de las 10 solicitudes... y de una sola vez!.

Destacar también la posibilidad de realizar copias rápidas de solicitudes de análisis mediante el botón Copy to new que aparece en el pie de tabla de la lista de solicitudes.

... y a las que se les van incorporando diferentes documentos (geles, ficheros pdf, etc) y son lotes que van cambiando.

En Bika LIMS se puede indicar si para un servicio de análisis (Analysis Service) concreto se permite/puede/debe añadir un fichero como elemento adicional al resultado propiamente dicho. Un ejemplo muy claro es en el caso de análisis de microscopía en que la imagen es indispensable en el resultado. Esta característica puede establecerse de forma independiente para cada servicio de análisis, en el apartado Analysis > Attachment Option de la vista de edición de un servicio.

Desde la vista de introducción de resultados en la hoja de trabajo se puede seleccionar el archivo (o archivos) que deben adjuntarse para un análisis concreto o a todos los análisis de un mismo tipo. Esta funcionalidad puede usarse para adjuntar, de una sola vez, una fotografía de las bandas de una electroforesis en gel para todos los análisis del tipo 'Electroforesis en gel' de una misma hoja de trabajo.

Hojas de trabajo y programación de análisis

Al día 1 recibimos 18 muestras de 4 laboratorios. Se procesan y extraen el ADN de ellas (capturamos los datos de extracción y valoración de ADN), ese mismo día se pasan al primer PCR (tenemos que capturar los datos de este PCR), se preparan 3 geles para grupos de 6 muestras, (se asigna cada gel a cada grupo de muestras).

Lo más adecuado es utilizar las Hojas de Trabajo (Worksheet). Dentro del flujo de trabajo convencional de Bika LIMS, una vez creadas múltiples solicitudes de análisis, en este caso un lote (Batch) con múltiples solicitudes, el responsable del laboratorio programa una o más hojas de trabajo y asigna cada una de ellas a un analista/técnico concreto.

La hoja de de trabajo es el elemento central en la programación, gestión y control de calidad de los procesos y análisis efectuados en el laboratorio. Sería necesario más de un artículo para explicar con detalle las funcionalidades y potencial que ofrece el uso de hojas de trabajo. Sin entrar en detalle, cada hoja de trabajo consiste en un conjunto de n muestras, con n análisis asociados a cada una de ellas. A una hoja, además se le pueden añadir muestras de control (blancos, duplicados y patrones), asociar los equipos (instrumental) que participaran en el proceso, seleccionar los métodos analíticos que se utilizarán en cada análisis o qué analista concreto es responsable de cada uno de los análisis.

worksheet.png

En el caso de ejemplo, existen distintas alternativas. Que se utilice una u otra dependerá del modelo de funcionamiento del laboratorio y sus preferencias en la división de tareas, recursos disponibles, etc.

Una primera opción sería crear 3 hojas de trabajo específicas para cada etapa del proceso, directamente vinculadas con la máquina o técnica a utilizar:

  • Hoja 1: incluye los análisis asociados a la extracción y valoración. Si bien hablamos de resultados de analíticas, en este caso se podrían considerar como resultados las condiciones del análisis, concentraciones, etc.
  • Hoja 2: hoja específica para los PCR con un número determinado posiciones en función de la capacidad del termociclador (24, 48, etc.), incluyendo uno o dos duplicados. Como en el caso anterior, se pueden considerar las condiciones (número de ciclos, temperatura, etc.) como los resultados a ser introducidos por el técnico.
  • Hoja 3: hoja para cada uno de los geles (en el caso de ejemplo, 3 hojas de este tipo). Se reservaría una posición para el DNA patrón y otra posición para un duplicado. Como resultados se podrían incluir las distancias de desplazamiento de cada una de las bandas o el peso en kb mediante un cálculo basado en la diferencia de desplazamiento entre la banda patrón y la banda problema. Otra opción es configurar el servicio de análisis para que el resultado deba ser una lista preseleccionable de elementos en función de la intensidad (++, +++, ++++, etc.). Además, cada servicio de análisis debe configurarse para que la adjunción de una imagen sea obligatoria.

Las hojas de trabajo son meros contenedores de análisis, de modo que todos los datos introducidos y procesos (resultados, adjuntos, estados, etc.) siempre tienen efecto a nivel de servicio de análisis. Así, el laboratorio podría crear una única hoja donde se incluyan todos los tipos de análisis mencionados, dos hojas (una para la extracción, valoración y PCR y otra para la electroforesis en gel).

La elaboración manual y diaria de cada una de estas hojas es un proceso costoso, pero con Bika LIMS se puede casi automatizar mediante el uso de las "Plantillas de hoja de trabajo" Worksheet Templates, que permiten diseñar cada hoja de trabajo (número de posiciones, posicion de las muestras QC, tipos de análisis permitidos, etc.