Iniciada la implementación de Bika Biobank en el Instituto Nacional de Bioinformática de Sudáfrica (SANBI)

El South African National Bioinformatics Institute (SANBI) y Bika Lab Systems han llegado a un acuerdo para la adaptación de una versión de Bika LIMS para laboratorios de genómica y para biobancos, incluyendo la gestión y distribución de muestras y datos. La versión actual de Bika Health 3.1, diseñada para laboratorios clínicos, será el punto de partida de este proyecto. Naralabs participará en el proyecto proporcionando recursos adicionales.

Interoperabilidad

La gestión del intercanvio y recepción de muestras de distintos países es uno de los objetivos a largo plazo, por lo que la interoperabilidad y el uso de estándares abiertos serán dos de los principales retos del proyecto. Se prevé construir y explotar distintas bases de datos con información genética regional, tarea para la cual se utilizarán distintos LIMS, EMRs y sistemas de gestión de muestras.

La integración inicial se realizará con OpenSpecimen, que permitirá el almacenamiento deslocalizado de muestras, pedidos, compras, seguimiento y la gestión de protocolos.

LIMS para bioinformática

Se añadiran nuevos procesos y modificaciones en los que ya soporta Bika Health por defecto: preparación de muestras, extracción y amplificación de DNA, expansión del proceso de particionado de muestras con la funcionalidad de carga dinámica de alícoutas. El sistema ya cumple con los requisitos de The system already ticks the biobank boxes for clinical LIMS, version controlled document management of SOPs and patient consent forms, billing, supplies and ERP interfacing. These functions will be customised to fit biobank integration, which will benefit the Bika Health and universal LIMS branches too.

Biobank Africa

El kit de montaje de muestras biológicas será la primera característica de nueva creación que será incorporada en el biobanco. Esta característica ha sido modelada y diseñada en base a los trabajos realizados por el Dra. Carmen Swanepoel y el profesor Akin Abayomi, de la Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud de la Universidad de Stellenbosch en el campus Tygerberg, lugar dónde se realizará el pilotaje del sistema. Gran parte del trabajo realizado hasta ahora se ha dedicado a la definición de requisitos, análisis, planificación de contingencias y a la consecución completa, de forma manual, de los procesos.

El proyecto se inició a raíz de la iniciativa Human Heredity and Health in Africa (H3Africa) y está inspirado en el proyecto histórico de investigación del acervo génico de las comunidades africanas. Se prevé que los resultados obtenidos permitan realizar futuras implementaciones en otros proyectos locales con requisitos similares, como aquellos relacionados con el ámbito botánico o zoológico.

Toluwaleke Ademuyiwa, estudiante de máster de informática de la Universidad de Western Cape y miembro del equipo de SANBI participará activamente en el proyecto y estará presente en el Bika training and workshop 2014 que tendrá lugar este próximo Noviembre en Pringle Bay. Jordi Puiggené y el equipo de Naralabs (Barcelona), así como Krishagni (especialistas en OpenSpecimen) también formarán parte del proyecto proporcionando recursos adicionales.

Invitaciones

Las organizaciones y personas interesadas en participar en el proyecto, ya sea en la definición de requisitos, nuevas funcionalidades, pruebas o en la contribución con código fuente, están invitados a ponerse en contacto con , de Bika Lab Systems, o con el , del SANBI.